La UNNE realizó la primera secuenciación de muestras locales del SARS Cov2 para identificar variantes
Profesionales del Instituto de Medicina Regional de la Universidad Nacional del Nordeste realizaron la primera secuenciación de muestras locales y lograron identificar variantes del virus de la Covid-19 que circulan en la provincia del Chaco. Así, a menos de un mes de haber adquirido el secuenciador de ADN y ARN MinION Mk 1C, lo más avanzado que se utiliza hoy en el mundo para estudiar al SARS-CoV-2, el instituto de la UNNE se convirtió oficialmente en el octavo Nodo de Secuenciación del país, y continuará secuenciando muestras del Chaco y de la región.
“Realizamos la primera secuenciación local”, informó el director del IMR-UNNE, Luis Merino en relación al estudio que por primera vez se realiza en la provincia. Hasta ahora, y desde el inicio de la pandemia, las muestras chaqueñas -así como las de toda la región y otras provincias argentinas- debían ser enviadas al Instituto Malbrán en Buenos Aires o a diferentes centros del Proyecto PAIS, para su secuenciación.
Se realizó la secuenciación completa de SARS-CoV-2 con un protocolo adaptado del propuesto por la red ARTIC para utilización en Oxford Nanopore MinION.
El logro es motivo de celebración para cada integrante del equipo del Instituto, que días atrás recibieron con gran alegría el dispositivo desarrollado en Reino Unido y que la UNNE pudo adquirir en virtud de un acuerdo con el Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación.
“Primera secuenciación de SARS CoV-2 Nodo Chaco!”, celebró en sus redes sociales el Horacio Lucero, quien encabeza el equipo que se ocupa de realizar este importante procedimiento.
Para alcanzar el objetivo, un grupo de profesionales del IMR ya se capacitó en el manejo del secuenciador. Los investigadores Ariel Amadio y José Matías Irazoqui, del Centro Científico Tecnológico CONICET – INTA Rafaela, Santa Fé, brindaron la capacitación, que se repetirá durante los próximos dos meses para el resto del plantel designado del Instituto.
Variantes de preocupación
La secuenciación del virus SARS CoV2 permite, entre otras cosas, identificar las variantes existentes en las muestras analizadas. Así, en este primer procedimiento hecho sobre 12 muestras de pacientes chaqueños con Covid, se identificaron las variantes Manaos (25% de las muestras) y la de Reino Unido (8,3% de las muestras). Hallazgo coincidente con estas variantes ya reportadas por el Ministerio de Salud de la provincia del Chaco en su oportunidad.
En dichos reportes ministeriales, se destacó en tanto el avance que significa la posibilidad de realizar estos estudios en la provincia. “En el corto plazo, Chaco contará con un dispositivo secuenciador en el Instituto de Medicina Regional de la Universidad Nacional del Nordeste (Unne) para realizar los estudios de mutaciones”, resaltaron autoridades sanitarias.
Muestras locales
Estas 12 muestras del virus analizadas, son las primeras de las 48 enviadas al Instituto desde el Ministerio de Salud chaqueño.
La semana entrante, y las siguientes, los y las profesionales del IMR-UNNE continuarán con la secuenciación de las muestras. “Se planea hacer 12 por semana hasta completar esta primera tanda”, informaron los especialistas a cargo. “Y seguramente después continuaremos recibiendo”, agregaron.
Por el momento se alcanzó un acuerdo para recibir muestras de la provincia del Chaco, pero la idea es que el secuenciador sea utilizado para analizar muestras de la región.
Nodo Chaco
Hecho el primer procedimiento de secuenciación, el Instituto de Medicina Regional de la Universidad Nacional del Nordeste, se convirtió oficialmente en el octavo Nodo de Secuenciación del país.
“Felicitamos a nuestro nuevo nodo de secuenciación genómica en el Instituto de Medicina Regional de @unneargentina en Resistencia, Chaco”, saludaron en redes sociales desde el Proyecto PAIS (Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS CoV-2).
En el “Nodo Chaco”, que funciona en el Campus Resistencia de la UNNE, trabajan: Bettina Brusés, Laura Formichelli, Griselda Oria, Melina Lorenzini Campos, Javier Mussin y Horacio Lucero.
El proceso
Lucero explicó cómo se utiliza este dispositivo del tamaño de un celular con el que se realiza el procedimiento de secuenciación. “Lo novedoso que tiene esta tecnología, es que se prepara la muestra en una librería genética, en un tubo primero, y después con una micropipeta se siembra la muestra que ha sido preparada previamente, en un puerto de las FLOW CELLS que son las que tienen las membranas con los nanoporos. Esas muestras pasan por un poro que tiene un tamaño de un nanómetro, que es justamente una millonésima parte de un milímetro. Una vez que atraviesa la molécula de ADN por ese nanoporo, produce un cambio de corriente eléctrica que el software que tiene el mismo aparato, lo interpreta como una secuencia nucleotídica. Entonces va armando la secuencia de nucleótidos que conforman la molécula de ADN”.
“Ese es el mecanismo por el cual se produce la secuenciación del material genético que uno prepara y pone en este dispositivo”, agregó y destacó que lo novedoso también es la portabilidad del equipo, “y que trabaja con un poro muy pequeño, o sea que es muy superador a todas las otras tecnologías de secuenciación”.
Cabe destacar finalmente, que el aporte de conocimiento sobre la naturaleza genética del virus en nuestra región mediante su secuenciación genómica permitirá comprender su evolución y permitir así estudios sobre antivirales y desarrollo de vacunas. Aportará también a la definición de políticas sanitarias, en este caso a partir del trabajo mancomunado con los gobiernos de las provincias donde la Universidad se asienta. Allí la importancia de que este estudio ya se esté realizando de manera local y que el Instituto de Medicina Regional de la UNNE sea uno de los Nodos de Secuenciación del país.
